کتابخانه دانشکده الهیات ومعارف اسلامی در سال 1358 به منظور ارتقای کیفیت فعالیت­های دانشگاهی در حیطه علوم اسلامی در سازمان مرکزی تاسیس گردید. در سال 1376 با افتتاح ساختمان دانشکده الهیات و معارف اسلامی کتابخانه شهید کوهپایه ­ای به مساحت 400 متر مربع در طبقه همکف در دانشکده الهیات و معارف اسلامی منتقل گردید.

 در این سالها بخشهای مرجع، امانت، مطالعه و مطبوعات کتابخانه همه در یک فضای کوچک و به صورت تفکیک نشده قرار داشت و اساسا با این وضعیت امانت دادن کتاب به صورت سنتی و با تکیه بر حافظه کتابدار و گاهی استفاده از برگه دان انجام می گرفت و از این رو بازیابی کتاب بسیار مشکل بود. کتابها نیز در ابتدای ورود به کتابخانه در دفتری ثبت شده و بدون فهرست نویسی، در قفسه ها قرار می‌گرفتند.                                                                                                  

با همت و پشتکار کتابداران و پرسنل کتابخانة دانشکده و پشتیبانی ریاست محترم دانشکده، در مرداد ماه سال 1379 تصمیم گرفته شد کتابخانه به صورت سیستم کنگره امریکا فهرست نویسی گردیده و سیستم ماشینی جایگزین سیستم دستی گردد. با به کارگیری 3 دستگاه رایانه در مرداد ماه 1379 و همکاری 3 نفر دانشجوی رشته کتابداری با کارکنان کتابخانه شامل 3 نفر خانم و2 نفر آقا و همکاری 2 نفر کتابدار از دانشکده علوم تربیتی و دامپزشکی ورود اطلاعات از طریق بانکهای اطلاعاتی کتابخانة ملی و کتابخانة مرکزی شروع شد. اطلاعات از طریق سیستم برنامه‌ای پارس آذرخش تحت DOS وارد رایانه شد و کتابهایی که فهرست نشده بود فهرست گردید و اطلاعات آنها به سیستم رایانه وارد گردید. کار ورود اطلاعات از مرداد سال 1379 شروع و تا پایان سال ادامه داشت ، در این مدت کتابخانه در ساختمان مرکزی دانشگاه باقی ماند ولی سایر بخشهای دانشکده به ساختمان جدید(کنونی) منتقل گردید. مرحومه خانم سلیمانیان از افرادی بود که در این ایام به پرسنل کتابخانه پیوست که متأسفانه پس از سه ماه به علت بیماری دار فانی را وداع گفت. رایانه‌ای کردن سیستم توسط کارکنان کتابخانه بدون چشمداشت مادی و صرفاً از سر شوق و علاقه صورت گرفت.

در اردیبهشت سال 1380 کتابخانه به ساختمان جدید منتقل گردید و با جدا سازی بخش مرجع از بخش مخزن ، کتابخانه شمایل اصولی گرفت. از سال 1373 تا سال 1380 حدود ده هزار نسخه به مجموعه کتابخانه افزوده شده و تعداد پرسنل آن به شش نفر رسید. از سال 1380 امکانات سرویس دهی کتابخانه افزایش یافته و تعداد ده دستگاه رایانه جهت ارائة خدمات در اختیار کتابخانه قرار گرفت. در حال حاضر، امانت دادن کتاب و کلیة امور مربوطه به صورت رایانه ای انجام می گیرد و برای این کار، یک دستگاه به عنوانserver ، 3 دستگاه مختص میز امانت و ورود اطلاعات، یک دستگاه مختص بخش مرجع و 4 دستگاه جهت جستجو و تقاضای دانشجویان مورد استفاده قرار می گیرد. قابل ذکر است که در سال 1383 سیستم اطلاعات از برنامة تحت dos به برنامة تحت ویندوز پارس آذرخش تغییر یافت و اکنون سامانه کتابخانه، تحت وب پارس آسا در دسترس همگان قرار دارد.