قبل إنشاء كلية أصول الدين والدراسات الإسلامية في جامعة جنديسابور، تم إنشاء مركز الدراسات الإسلامية الذي يعود تاريخه إلى ما يقرب من عامين قبل انتصار الثورة الإسلامية المجيدة. وكان المسؤول عن هذا المركز المرحوم السيد رضا ديباجي. وبعد مرور عام، فكر المسؤولون في جامعة جنديسابور في إنشاء مدرسة لاهوتية، ولهذا الغرض، قاموا بدعوة المتعلمين من أصفهان وعبادان والأحواز وأراك للتعاون كأعضاء هيئة تدريس. وأسندت الكلية إلى المرحوم السيد رضا ديباجي، وأغلقت بإنشاء كلية أصول الدين مركز الدراسات الإسلامية.

وفي أكتوبر 1357هـ، أي قبل حوالي أربعة أشهر ونصف من انتصار الثورة الإسلامية، تم الانتهاء من الجولة الأولى من قبول الطلاب شبه المركزي في هذه الكلية. في ذلك الوقت، كان مقر الكلية في وكيل الجامعة للطلاب، وكانت مرافقها التعليمية والبحثية تتكون من غرفتين وطابق سفلي.

وبعد انتصار الثورة، تم نقل قسم اللغة العربية وآدابها، الذي كان أحد أقسام كلية الآداب والعلوم الإنسانية، إلى كلية أصول الدين، وفي عام 1362هـ صدر الإذن من حيث المبدأ بمواصلة التدريس- تم إصدار الأنشطة البحثية للكلية إلى الكلية من قبل وزارة العلوم آنذاك. وفي تلك الأيام كانت كلية أصول الدين تضم فرق تدريس اللغة العربية وآدابها وقسم أصول الدين واللاهوت الحر.

تم إغلاق الأنشطة التعليمية لكلية اللاهوت، مثل المراكز الأكاديمية الأخرى، مؤقتًا خلال الثورة الثقافية.

مع بداية الحرب المفروضة ومشاركة الطلاب المقاتلين في الحرب، أهدت كلية أصول الدين أول شهيد طلابي، المرحوم الشهيد حبيب شريفي راد، للإسلام والثورة الإسلامية، وبعد هذا الشهيد تم تكريم عدد من ونال طلاب هذه الكلية المقاتلون الآخرون درجة الاستشهاد، وفي عام 1995 انضم مهدي إسحاقيان إلى الشهداء الذين دافعوا عن المقام.

وبعد إعادة افتتاح الجامعة، استأنفت كلية أصول الدين أنشطتها التعليمية والبحثية، ورغم الحرب في المنطقة، تمكنت، متوكلة على الله تعالى، من إيصال خريجين جامعيين إلى المجتمع الإسلامي، بعضهم الآن حاصل على درجة الدكتوراه. د.الدرجات العلمية ويعملون كأعضاء هيئة تدريس في هذه الكلية ويعمل عدد كبير منهم في جامعات أخرى أو في مناصب تدريسية وبحثية وتنفيذية.

السيد عميد كلية اللاهوت المحترم: الدكتور عبدنان مهدي زاده

وكيل الكلية المحترم : السيدة الدكتورة عشارش

المحترم الباحث المساعد للكلية: ساركار السيدة الدكتور شمخي